La alquimia es la transformación de una cosa a otra empleando siempre el intercambio equivalente. Los hermanos Elric se imbolucraron con la alquimia cometiendo un gran error.

Destrozados por la muerte de su madre deciden volverla a la vida mediante la alquimia.Sin embargo, no salio como esperaban, Edward perdiendo una pierna y un brazo, mientras que Alphonse, el hermano menor, perdió todo su cuerpo, quedando su alma en una armadura.

Tambien descubrirán la existencia de la piedra filosofal, objeto que podría hacer realidad lo que desean. Pero Edward y Alphonse no son los únicos que la buscan, ya que unos seres llamados homúnculos, que representan los siete pecados y también interesados en la piedra.